Футбольный клуб «Спирис» основан в 2004 году. Идея его образования появилась у тренеров Каунасской спортивной школы «Таурас», рассудивших, что выпускникам школы нужно обеспечить возможность играть в футбол на должном уровне.
С 2005 года по 2012 год клуб, пополняемый учениками школы, участвовал в первенстве Южной зоны II лиги. В 2013 — дебютировал в первенстве I лиги.
Новая страница в истории клуба — 2015 год. В этом году он стал частью баскетбольного клуба «Жальгирис» Каунас и впервые начал играть в сильнейшей литовской лиге — А-Лиге.
Первый сезон получился удачным — команда заняла 5-е место. Затем два сезона подряд команда занимала 8-е (последнее) место и должна была начинать следующий сезон в I лиге. Но по разным причинам начинала играть в А-Лиге.
В 2016 году, когда ЛФФ разрешила переименовать клуб, начались юридические споры вокруг названия клуба с вильнюсским «Жальгирисом». В отдельных матчах команда выступала под названием «Каунасский футбольный клуб А Лиги» (лит.Kauno A lygos futbolo klubas“).[источник не указан 2250 дней]
Выступает на главном стадионе Каунаса — имени С. Дарюса и С. Гиренаса, вмещающем 9180 зрителей. Запасным полем является стадион Национальной футбольной академии, рассчитанный на 500 зрителей.